Biocyc

Lien : https://biocyc.org/

BioCyc est une collection de bases de données et d’outils sur le métabolisme, sur les voies d'accès et les génomes (PGDB). Les données sont issues de l’annotation d’informations sélectionnées dans la littérature biomédicale.

Contenu

Développé depuis 25 ans le contenu inclue 22 000 organismes au total dont certains génomes eucaryotes.

• Archaea : 470 bases de données
• Bacteria : 19 448 bases de données
• Eukaryota : 39 bases de données
• MetaCyc :base de données de voies métaboliques élucidées expérimentalement dans tous les domaines de la vie.
  MetaCyc contient des voies impliquées dans le métabolisme primaire et secondaire, ainsi que les métabolites, réactions, enzymes et gènes associés.

Biocyc permet un accès direct à 14 PGDB :

Pathway tools : https://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/
Pathway Tools, compris dans l'abonnement INRAE, est un logiciel complet de biologie des systèmes associé à la collection de bases de données BioCyc. Il prend en charge plusieurs cas d'utilisation en bioinformatique : développement de bases de données spécifiques aux organismes, reconstruction métabolique et modélisation des flux métaboliques, visualisation scientifique et publication sur le web, analyse des ensembles de données d'expression génique et de métabolomique, analyses comparatives du génome et des voies de communication, analyse des réseaux biologiques.

Licence :
https://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/licensing/ptools-license-intermediate.shtml

Ressources de formation

• BioCyc Webinars. https://biocyc.org/webinar.shtml
• How to Use a Pathway Tools Website. https://biocyc.org/PToolsWebsiteHowto.shtml.
• Pathway/Genome Database Concepts Guide. https://biocyc.org/PGDBConceptsGuide.shtml.
• BioCyc Database Guide. https://biocyc.org/BioCycUserGuide.shtml.

En savoir plus? Contact : dipso-reselec@inrae.fr